這個 2021 年的論文，由墨西哥遺址的泥土中，獲得兩種古熊的細胞核 DNA，一種是一萬多年前滅團的大短面熊（giant short-faced bear，學名 Arctodus simus），另一種是如今仍然活著的美洲黑熊（Ursus americanus）。
Environmental genomics of Late Pleistocene black bears and giant short-faced bears
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取樣泥土的地點是墨西哥的 Chiquihuite Cave。去年發表的論文報告，這兒出土距今 3 萬年之久的「石器」，可見當時已經有人移民美洲；不過有些學者認為需要更多證據支持。
這個論文則是由遺址中 1.5 到 1.6 萬年前的泥土，3 個樣本中取得熊熊的古代DNA，覆蓋率 0.03，比對後得知是美洲黑熊。另一個樣本覆蓋率 0.04，是大短面熊。
美洲黑熊如今仍然在世，83 個樣本根據不同地理範圍，論文分為 5 個族群，加入古熊一起分析的結果是，美國西南部、阿拉斯加東南部（Southeast Alaska，簡稱 SEAK）的族群，遺傳上比較接近。
阿拉斯的加基奈半島（Kenai Peninsula）、美國東部、墨西哥古熊能歸類為另一群。這一群中，墨西哥古熊最早和同類分家；在此之後，這群美洲黑熊，向另一群大幅情慾流動。
至於美國西北部的美洲黑熊，遺傳上介於上述兩群之間。
活在 1.5 萬年前，冰河時期結束前的墨西哥古熊，地理上似乎和美國西南部最接近，但是兩者遺傳上最遠；遺傳最近的反而是美國東部，再來是阿拉斯加的同類。
一個可能是，嚴寒的冰河時期，熊熊活動範圍受限，大批熊熊躲到美國東南部、西南部，兩個溫暖的避難所，而墨西哥古熊屬於東南部避難所的一員。兩群熊熊在美國南部有接觸機會，發生過情慾交流。
另一個可能是，氣溫回升以後，有些熊熊可以漂向北方。有些東部熊向西北前進，見到也由西南部向北移民的西北族群，以及更西北方的阿拉斯加同類。
由墨西哥古熊屬於東部血脈，和西部同類差異最大這件事，或許能推論，Chiquihuite 一帶是美洲黑熊，東西族群交流的地理障礙。兩群熊熊分家的年代，粗估介於 3.1 到 6.7 萬年之間。
至於大短面熊，早已全部滅團，沒有會站起來的熊。除惹墨西哥泥土熊以外，論文還由加拿大的育空地區（阿拉斯加的東南方）取得 3 個古代基因組，分別距今 2.89、2.98，以及超過 5 萬年。
根據墨西哥泥土熊少少的細胞核 DNA，論文判斷他所屬的族群，和育空的同類屬於分家許久，遺傳有別的支系，可惜資訊不足，難以進一步分析。
另外，這回在墨西哥見到大短面熊，令此處成為已知分佈範圍的最南端。
由泥土獲得古代DNA 的全新進展，不只能研究各色人類，也能探索動物，可想而知，未來也將用於植物。
新聞稿：
Stone Age black bears didn't just defecate in the woods - they did it in a cave too
新聞：
Team recovers ancient genomes from dirt, revealing new history of North America’s bears
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