父傳子的 Y染色體記錄一部分父系遺傳歷史，不過尼安德塔人、丹尼索瓦人的 Y染色體卻少有研究。這個 2020 年的論文取得 5 位古人類的 Y染色體，奇妙地發現，尼尼的 Y染色體竟然和智人比較像。
The evolutionary history of Neanderthal and Denisovan Y chromosomes
智人 Y染色體代表？via 這裡
樣本來自 2 位丹丹、3 位尼尼。2 位丹丹為 Denisovan 4（5.5 到 8.4 萬年前），覆蓋率 1.4；Denisovan 8（10.6 到 13.6 萬年前），覆蓋率 3.5。
3 位尼尼為 Spy94a（3.8 到 3.9 萬年前），覆蓋率 0.8；Mezmaiskaya 2（4.3 到 4.5 萬年前），覆蓋率 14.3；另外還有一位 El Sidrón 1253（4.6 到 5.3 萬年前），取得一段 560 kb 的片段，覆蓋率 7.9。
細胞核基因組方面，丹丹與尼尼比較親近，和智人比較疏遠。三者共同祖先的年代估計介於 55 到 77 萬年前之間。粒線體卻顛倒過來，智人和尼尼的粒線體比較像，應該是比較近的情慾流動所致。
這回探討的 Y染色體，丹丹和智人的共同祖先約為 70 萬年前，與細胞核基因組的分家年代一致，符合預期。
不過非常意外，尼尼 Y染色體竟然和智人比較接近，雙方只在 37 萬年前分家。意謂尼尼與丹丹分家以後，在某個時候又與智人所屬的支系有過情慾交流，獲得另一款 Y染色體。這次研究的結果，比之前估計的 59 萬年前更少一截。
3 位尼尼的 Y染色體，共同祖先約為 10 萬年前。由智人支系向尼尼情慾流動的年代，想來超過 10 萬年；因此 Y染色體流動的年代，應該介於 10 到 37 萬年前之間。
比較晚的尼尼，粒線體也比較像是智人，Y染色體和粒線體，是否能追溯到同一次情慾流動呢？
距今 43 萬年前，西班牙胡瑟裂谷的早期尼尼，粒線體仍然比較接近丹丹。粒線體流動很可能在此之後。
所有已知後期尼尼的粒線體，約在 27 萬年前分家，可見涉及粒線體的情慾流動，應該在此之前發生。而智人與尼尼的粒線體共同祖先，年代距今約 40 萬年。也就是說，粒線體由智人向尼尼流動的年代，介於 27 到 40 萬年前。
Y染色體是 10 到 37 萬年前間，粒線體是 27 到 40 萬年間，兩邊在 27 到 37 萬年前這段期間是重疊的。不過沒有證據支持，Y染色體和粒線體的流動在同時發生。
更奇妙的是，細胞核的體染色體方面，尼尼並沒有多少智人支系的成分，但是 Y染色體（與粒線體）卻是 100% 智人流。可見外來的 Y染色體進入尼尼族群以後，最終取代尼尼原本的型號。這是怎麼發生的？
隨機因素以外，論文推論，尼尼族群比智人小，機率上累積的有害突變比較多，或許智人的 Y染色體比起尼尼有一絲優勢。
Y染色體不會遺傳重組交換序列，本身就是一個完全連鎖的遺傳單位。倘若有利或有害，將是整個 Y 一起承受。智人 Y 占優勢，因此取代尼尼 Y，理論上解釋的通。
論文假設當年雙方見面一次，兩族群間情慾交流的程度為 1 到 10%，估計可能在幾代以後尼尼的 Y 會被完全取代。模擬結果顯示，似乎不用太久。
舉例來說，假如只有 5% 智人的 DNA 進入尼尼族群，而尼尼 Y染色體比智人不利 1%；那麼在 5 萬年之後，智人 Y染色體有 25% 的機率取代尼尼。如果不利 2%，尼尼 Y 被智人取代的機率高達 50%。
論文表示，即使智人和尼尼的 Y染色體之間，僅存很微小的生存優勢差異，幾萬年後導致完全取代的機率也不能說低。
尼尼遺傳史仍充滿謎團，尼尼與丹丹在 40 萬年前分家以後，尼尼不但與智人祖先發生情慾交流，而且原本父系的 Y染色體、母系的粒線體都被取代惹。極為複雜的情慾交流史，像極了愛情 ❤️
論文短評：
The last pieces of a puzzling early meeting
新聞稿：
Y chromosomes of Neandertals and Denisovans now sequenced
新聞：
How Neanderthals lost their Y chromosome
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