盲眼的尼安德塔石器匠

每個人都有腸，腸內除了我們的細胞以外，還有許多細菌居住，也就是近年來熱門的研究主題之一－腸道菌。這個 2016 年的論文比較人類（更精確地說是美國人），與其現存於世最親近的 2種 親戚，黑猩猩和巴諾布猿（bonobos，也叫倭黑猩猩），還有更外面一點的大猩猩，這 4 種在演化上的大猿近親，各自腸道菌間的演化關係。（4 者關係如圖的右上）

Cospeciation of gut microbiota with hominids

在研究腸道菌時，用來分辨有哪些細菌的遺傳標記，多半是16S rRNA。但是這個論文為了更精確區分各種細菌間的親緣關係，採用的是 DNA gyrase subunit B，簡稱 gyrB 基因。有 3 個科（family）的細菌被詳細比較：Bacteroidaceae、Bifidobacteriaceae、Lachnospiraceae 。

Bacteroidaceae 與 Bifidobacteriaceae 兩群旗下細菌間的親戚關係，大致上也與它們的宿主一致。（比方說圖的左下那樣，只是那群細菌在人類那支，後來消失不見，沒能留到今日）

狀況有點類似基因的演化，還在共同祖先的階段時，只有一種基因，等到兩個物種分家以後，本來那個基因也變成 A 物種與 B 物種各自的基因，然後各自再衍生出許多基因們。

ortholog paralog homolog

至於 Lachnospiraceae 各物種混雜在 4 種大猿之中，與另外 2 群細菌模式不同。論文推論，可能是因為這種細菌能形成孢子在體外生存，因此水平傳播的機會更多，不像另外 2 種細菌只能留在體內。

這個研究發現，年代超過一千萬年前，大猩猩、黑猩猩、巴諾布猿、人類，4 種大猿的共同祖先尚未分家以前，那時大家的共同祖先體內，應該已經存在許多如今腸道菌的共同祖先，後來隨著大猿們分家形成新種，體內的腸道菌也跟著分家，各自演化出許多新種。

短篇  人與親戚們分家，腸道菌也跟著分家

尼安德塔人與穿越時代的腸道菌！與古代人共生，是怎樣的微生物？

Science論文短評：

Hominid superorganisms

Science新聞：

Microbes in our guts have been with us for millions of years

LiveScience新聞：

Human Gut Microbes Took Root Before We Were Human

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