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赫赫有名的鼠疫桿菌(Yersinia pestis),歷史上至少有3波超級疫情爆發。第一次的查士丁尼瘟疫,約發生在1500年前的東歐拜占庭帝國;第二次就是知名的黑死病,大概出現在600多年前的歐洲;最後一次距今不久,19世紀中起源自中國南方,主要疫情在1894年,後來擴散至全世界,前後延續百餘年。死神般的鼠疫桿菌,是如何起源與演化的?

Early Divergent Strains of Yersinia pestis inEurasia 5,000 Years Ago

鼠疫 via 這裡

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2015年的第五屆歐洲人類演化學會的年會,有一些有趣又有學術價值的研究被報告。其中一個「用膠原蛋白鑑定化石物種」,想起來似乎沒有很難,可是能先想到的人好厲害,而且應該會相當實用。

5th ANNUAL MEETING OF THE European Society for the study of Human Evolution(摘要在第62頁)

collagen   via 這裡

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大家都聽過珐瑯質,這是種非常堅硬的成分,所有四足動物,包括兩棲類、爬蟲類、鳥類、哺乳類,以及我們人類,牙齒外頭都包覆著一層珐瑯質,保護裡面的象牙質。魚類當中,硬骨魚旗下的肉鰭魚(lobe-finned fish,學名Sarcopterygii)也有這個特徵。不少種肉鰭魚都已經滅絕,現存的種不多,最有名的肉鰭魚應該是腔棘魚。不過其他魚類的牙齒,外頭都沒有珐瑯質。

New genomic and fossil data illuminate the origin of enamel

fish teeth   via 這裡

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丹尼索瓦人是一種透過化石DNA發現的人種,非常幸運,丹尼索瓦人的全套高品質基因組,非常完好的保存在西伯利亞南方,阿爾泰山旁的一小塊小指骨(Denisovan 3)中。遺傳上丹尼索瓦人是尼安德塔人的最近親,然而有關他們的形態,除了一顆很大的牙齒(Denisovan 4)外,我們卻幾乎一無所知。2015年這個論文,報告了新發現的牙齒Denisovan 8,也是第3位確認的丹尼索瓦人。

Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals

NDH  

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許多不同種生物間,有著互利共生的關係。例如蜜蜂與花,蜜蜂去採蜜,花能夠藉由蜜蜂傳粉,蜜蜂也可以把蜜帶回家,雙方各取所需,互蒙其利。然而要是互相依靠的雙方,有一邊出了狀況?

Functional mismatch in a bumble bee pollination mutualism under climate change

bee  

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美洲在幾百年前歐洲人到來之前,曾有過不少人口與發達的文化,但隨著殖民者的剝削、奴役與疾病,相當多原住民陸續死去,加上大批外來人口移入,使得現在的美洲人族群,與歐洲人尚未到來前的遺傳組成相當不同。2015年這個500年前的粒線體DNA,讓我們對當時的了解更增一分。

The complete mitogenome of a 500-year-old Inca child mummy

Inca   via 這裡

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斬首是種具有特殊意義的人類行為。美洲史上最早的斬首事件,北美洲發生在約6990到8120年前的佛羅里達,南美洲則是出現在3000多年前的秘魯。不過2015年這個論文,報告了在巴西的Lapa do Santo(saint's rock shelter)遺址中找到的斬首遺骸,距今9000年之久,刷新美洲新大陸最早的斬首記錄。

The Oldest Case of Decapitation in the New World (Lapa do Santo, East-Central Brazil)

journal.pone.0137456.g005  

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劍吻鯨科(學名Ziphiidae,俗名beaked whale)在分類上屬於鯨魚,不過嘴喙形狀比較尖,更接近海豚,不像一般鯨魚的扁嘴。現代的劍吻鯨主要食物是深海的烏賊和魚類,不過這個2015年的論文指出,在秘魯海邊出土,距今約890到990萬年的古代劍吻鯨(學名Messapicetus gregarius)化石顯示,牠曾經在淺海覓食。

No deep diving: evidence of predation on epipelagic fish for a stem beaked whale from the Late Miocene of Peru

beak whales  

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古埃及與古代DNA(後記)──在文明的十字路口 也刊登於古埃及練習曲

作者/寒波、編修練習人

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提到木乃伊,大家多半會第一個想到古埃及,不過世界上其他地方的人,也會製作木乃伊。這個2015年的論文,調查了距今約2800到4200年前(跟古埃及同時)的25個遺址中,301具遺骸,其中34具來自青銅時代的不列顛。有趣的是,16具遺骸保存的非常良好,沒有微生物攻擊的跡象,跟葉門與愛爾蘭的木乃伊狀況一樣好。論文認為,這些遺骸曾經被木乃伊處理過。

Mummification in Bronze Age Britain

mummy   via 這裡

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古埃及與古代DNA(下)──法老與子民 也刊登於古埃及練習曲

作者/寒波、編修練習人

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大多數生物的遺傳資訊存放在DNA序列之中,DNA會轉錄成RNA,RNA再轉譯出蛋白質。生物死後,DNA會漸漸毀滅,不過仍能保存一段時間,近來古代DNA成為一門顯學,遺骸中獲得的DNA,提供我們很多有用的資訊。某些時候,遺骸中蛋白質保存的狀況比DNA更好,既然有人研究古代DNA,當然也會有古代蛋白質定序。

Protein power

Norse in Greenland   

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